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BSCW

Sommersemester 2008

Sommersemester 2006

Wintertrimester 2005/2006

  • Bioinformatik - Anwendung und Nutzen in Biologie, Biotechnologie und Medizin, Lehrauftrag an der Universität der Bundeswehr München

Sommersemester 2005

  • Hauptseminar: Geschichte der Rechnerarchitektur

Sommersemester 2004

  • Hauptseminar: Geschichte der Rechnerarchitektur
  • Hochleistungsarchitekturen (Notebook University: Cluster Programmierung mit Java

Sommersemester 2003

Sommersemester 2002

Wintersemester 2001/2002

Doktorarbeiten

  • Entwicklung eines leistungsfähigen Computerverfahrens für Design und Evaluierung von diagnostischen DNA-Chips aus Genomsequenzdaten

  • Bearbeiter: Dipl. Inf. Kai Bader
    Betreuer: Dr. Harald Meier
    seit 01.03.2007 am Institut für Informatik, TU München.
  • Parallelisierung von Algorithmen für die Maximum Likelihood basierte phylogenetische Analyse von molekularen Sequenzdaten auf hybriden Hochleistungsarchitekturen

  • Bearbeiter: Dipl. Inform. Michael Ott
    Betreuer: Dr. Harald Meier, Dr. Alexandros Stamatakis
    seit 01.01.2005 am Institut für Informatik, TU München.
  • Development and Integration of Structure Based Visualization Tools in ARB Software Package.

  • Bearbeiter: Yadhu Kumar,
    Betreuer: Dr. Wolfgang Ludwig, Lehrstuhl für Mikrobiologie, TU München; Dr. Harald Meier;
    abgeschlossen am 01.12.2005 am WZW Weihenstephan, TU München.
  • Distributed and Parallel Algorithms and Systems for Inference of Huge Phylogenetic Trees based on the Maximum Likelihood Method.

  • Bearbeiter: Dipl. Inform. Alexandros Stamatakis
    Betreuer: Dr. Harald Meier, Prof. Dr. Thomas Ludwig;
    abgeschlossen am 20.10.2004, Institut für Informatik, TU München.

Diplomarbeiten

  • Computer-basierte Verfahren zur funktionellen Genomanalyse in der Bioinformatik

  • In dieser Diplomarbeit wurden eine Softwareapplikation entwickelt, um Expressionsdaten in eine Genomdatenbank zu integrieren und mit diesen Genomdaten zu verknüpfen. Als Highlight wurde zudem eine computerbasierte Methode zum Datenmapping und zur umfassenden Visualisierung von Genom- und Expressionsdaten entwickelt und implementiert.

    Bearbeiter: Kai Bader
    Betreuer: Dr. Harald Meier
    Abgabe 15.12.05
  • Distributed data structures for efficient molecular sequence analysis

  • Im Rahmen dieser Diplomarbeit wurde PTPanentwickelt, ein Algorithmus, der aus großen Datensätzen/Alignments mit Nukleinsäure-Sequenzen (DNA/RNA) verteilte Suffixbäume erzeugt, PTPan wurde im ARB-Softwarepaket implementiert. Derzeit wird PTPan auf einem verteilten Rechnersystem (dem institutseigenem Infiniband-System) mittels Message-Passing basierten Bibliotheken, wie MPI implementiert. Ein verteilter Positionsbaume soll hochperformante Sequenzvergleiche ermöglichen, und sowohl für die schnelle Suche von Zeichenketten in DNA-Sequenzen, als auch für die parallele Auffindung von spezifischen Zeichenketten für beliebige Teilmengen an Sequenzen des zugrunde liegenden Datensatzes eingesetzt werden. Dabei sollen die exakten Positionen der gesuchten Zeichenketten in den jeweiligen Sequenzen, sowie der Name/die Namen der Sequenz/Sequenzen, in denen die gesuchten Zeichenketten vorkommen, ermittelt werden. In dieser Arbeit ist die Grundlage für die ultraschnelle Berechnung sogenannter spezifischer Gensonden in großen Sequenzdatenbanken, sowie die Basis für hochperformante Genomanalysen geschaffen wurden.

    Bearbeiter: Chris Hodges
    Betreuer: Dr. Harald Meier, Dr. Max Walter
    Abgabe 15.11.03
  • ASSPERA - Entwicklung eines versionierenden Datenbankservers für molekulare Sequenzdaten mit Aufbereitungswerkzeugen, basierend auf CORBA

  • In der vorliegenden Arbeit wurde die Architektur eines modularen Bioinformatik-Softwaresystems beschrieben, das in der Lage ist molekulare Sequenzdaten aus öffentlichen Primärdatenbanken zu beschaffen und diese zu qualitativ hochwertigen, gepflegten Gensequenzdatenbanken aufzubereiten. Dazu werden die Sequenzdaten zunächstin einer versionierenden, objektorienten, verteilten Datenbank abgespeichert. Anschließend kann durch die Auswertung von funktionalen Ausdrückenmit Hilfe von Operatoren, die sich in separaten Modulen befinden, eine Aufbereitung der Daten erfolgen. Durch die Anwendung der funktionalen Ausdrücke auf unterschiedliche Versionen der Primärdatenbanken, könnem automatisert aktuelle Versionen der Gensequenzdatenbanken erzeugt werden.

    Bearbeiter: Markus Kräutner
    Betreuer: Dr. Harald Meier
    Abgabe 15.09.03

Bachelor-Arbeiten

  • Robert Keiselt. Search indices for the distributed signature search in large genome databases and the cost benefit analysis regarding their suitability for the Biotech-Industry;

  • Bearbeiter: Robert Keiselt,
    Betreuer: Dr. Gabriele Witterstein, Dr. Harald Meier.
    seit 15.11.2008
  • Hochperformante, auf einer relationalen Datenbank basierende Abstraktionsschicht zur Modellierung von versionierten Objekten

  • Bearbeiter: Sebastian Huber
    Betreuer: Dr. Harald Meier
    Abgabe 15.08.03

Interdisziplinäres Praktikum

  • Development and testing of software tools for quality analysis of sequence data and alignments in ARB databases

  • Bearbeiter: Jürgen Huber
    Betreuer: Dr. Harald Meier, Dr. Wolfgang Ludwig, Dipl. Inf. Ralf Westram
    Abgabe 15.04.2004
  • Entwicklung und Erprobung von Softwarewerkzeugen zur Interpretation komplexer Hybridisierungsmuster bei der Auswertung von DNS-Chipdaten

  • Im interdisziplinären Praktikum "Informatik in der Mikrobiologie" werden Programme entwickelt um Daten aus DNS-CHIP Experimenten zu analysieren. Dabei müssen umfangreiche Hybridisierungsprofile exakt interpretiert und mit großen DNS-Sequenzdatenbanken verglichen werden.
    Bearbeiter: Kai Bader, Wolfgang Thomas
    Betreuer: Dr. Harald Meier, Dr. Wolfgang Ludwig
    Abgabe 31.03.04

    Systementwicklungsprojekte

    • Portierung des ARB-Softwarepakets auf 64-bit Architekturen und Evaluierung

    • Bearbeiter: Jörg Böhnel
      Betreuer: Dr. Harald Meier
      Abgabe 15.03.2008
    • Genom-Auswertung mit programmierbarer Graphikhardware
    • .
      Bearbeiter: Andreas Bombe
      Betreuer: Dr. Kipfer, Lehrstuhl für Computergrafik und Visualisierung, Institut für Informatik, TU München; Dr. Harald Meier
      Abgabe: 15. Juli 2005.
    • Development and implementation of an algorithm for deriving growth conditions for microorganisms from their molecular phylogeny

    • Bearbeiter: Kai Bader
      Betreuer: Dr. Harald Meier
      Abgabe 15.12.04
    • Visualisierung von bakteriellen Genomen

    • Bearbeiter: Daniel Koitzsch und Christian Becker
      Betreuer: Dr. Harald Meier; Dr. Kipfer, Lehrstuhl für Computergrafik und Visualisierung, Institut für Informatik, TU München
      Abgabe 15.09.04
    • Entwicklung und Implementierung eines JAVA-Klienten für den CORBA-basierten ASSPERA Server zur Anzeige, Verwaltung und Verarbeitung biologischen Daten.

    • Bearbeiter: Stefan Widmaier
      Betreuer: Dr. Harald Meier
      Abgabe 31.05.04
    • Entwurf und Implementierung von CORBA-Diensten für ein verteiltes Bioinformatik-System

    • Bearbeiter: Anja Thiele
      Betreuer: Dr. Harald Meier
      Abgabe 15.08.03
    • DNS-CHIP DESIGNER: Entwicklung einer Software für den Entwurf von DNS-Microarrays (DNS-Chips) aus Nukleinsäuredatenbanken

    • Der Entwurf von DNS-CHIPS ist sehr arbeits- und zeitaufwändig. In diesem Projekt wurden Programme entwickelt, die eine individuelle Entwicklung von DNS-CHIPS aus Sequenzdatenbanken für die Identifizierung von Bakterien in komplexen Proben (z.B. klinische Proben infizierter Patienten, kontaminierten Lebensmitteln, Umweltproben) automatisieren.

      Bearbeiter: Markus Kräutner, Andreas Krause
      Betreuer: Dr. Harald Meier
      Abgabe 30.10.02
    • SirplexSearchTool: Entwicklung eines Softwaresystems zur Suche und Spezifitätsevaluierung von siRNA-Sequenzen

    • In diesem Projekt wird ein Softwaresystems entwickelt, das die Auffindung von Vorlagen zur Herstellung spezifischer "Small Interfering Ribonucleic Acid (siRNAs)"- Moleküle erleichtert und erheblich beschleunigt. Bei siRNA handelt es sich um kurze, doppelsträngige RNA mit bestimmten Eigenschaften, die zur gezielten, spezifischen Abschaltung von Genen in Mensch/Maus, wie z.B. Tumorfaktoren, eingesetzt werden kann. Dieses Projekt wird in Zusammenarbeit mit der Ribopharma AG, Kulmbach, durchgeführt.

      Bearbeiter: Judith Hartmann, Stephan Tobias Dietl
      Betreuer: Dr. Harald Meier; Dr. Peter Vornlocher, Ribopharma AG, Kulmbach (jetzt Roche-Kulmbach)
      Abgabe 15.09.02

    Harald Meier
    Last modified: Tue Jan 23 17:31:39 CEST 2008