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Sommersemester 2008Sommersemester 2006Wintertrimester 2005/2006
Sommersemester 2005
Sommersemester 2004
Sommersemester 2003
Sommersemester 2002Wintersemester 2001/2002Doktorarbeiten
Bearbeiter: Dipl. Inf. Kai Bader Betreuer: Dr. Harald Meier seit 01.03.2007 am Institut für Informatik, TU München.
Bearbeiter: Dipl. Inform. Michael Ott Betreuer: Dr. Harald Meier, Dr. Alexandros Stamatakis seit 01.01.2005 am Institut für Informatik, TU München.
Bearbeiter: Yadhu Kumar, Betreuer: Dr. Wolfgang Ludwig, Lehrstuhl für Mikrobiologie, TU München; Dr. Harald Meier; abgeschlossen am 01.12.2005 am WZW Weihenstephan, TU München.
Bearbeiter: Dipl. Inform. Alexandros Stamatakis Betreuer: Dr. Harald Meier, Prof. Dr. Thomas Ludwig; abgeschlossen am 20.10.2004, Institut für Informatik, TU München. Diplomarbeiten
In dieser Diplomarbeit wurden eine Softwareapplikation entwickelt, um Expressionsdaten in eine Genomdatenbank zu integrieren und mit diesen Genomdaten zu verknüpfen. Als Highlight wurde zudem eine computerbasierte Methode zum Datenmapping und zur umfassenden Visualisierung von Genom- und Expressionsdaten entwickelt und implementiert. Bearbeiter: Kai Bader Betreuer: Dr. Harald Meier Abgabe 15.12.05
Im Rahmen dieser Diplomarbeit wurde PTPanentwickelt, ein Algorithmus, der aus großen Datensätzen/Alignments mit Nukleinsäure-Sequenzen (DNA/RNA) verteilte Suffixbäume erzeugt, PTPan wurde im ARB-Softwarepaket implementiert. Derzeit wird PTPan auf einem verteilten Rechnersystem (dem institutseigenem Infiniband-System) mittels Message-Passing basierten Bibliotheken, wie MPI implementiert. Ein verteilter Positionsbaume soll hochperformante Sequenzvergleiche ermöglichen, und sowohl für die schnelle Suche von Zeichenketten in DNA-Sequenzen, als auch für die parallele Auffindung von spezifischen Zeichenketten für beliebige Teilmengen an Sequenzen des zugrunde liegenden Datensatzes eingesetzt werden. Dabei sollen die exakten Positionen der gesuchten Zeichenketten in den jeweiligen Sequenzen, sowie der Name/die Namen der Sequenz/Sequenzen, in denen die gesuchten Zeichenketten vorkommen, ermittelt werden. In dieser Arbeit ist die Grundlage für die ultraschnelle Berechnung sogenannter spezifischer Gensonden in großen Sequenzdatenbanken, sowie die Basis für hochperformante Genomanalysen geschaffen wurden. Bearbeiter: Chris Hodges Betreuer: Dr. Harald Meier, Dr. Max Walter Abgabe 15.11.03
In der vorliegenden Arbeit wurde die Architektur eines modularen Bioinformatik-Softwaresystems beschrieben, das in der Lage ist molekulare Sequenzdaten aus öffentlichen Primärdatenbanken zu beschaffen und diese zu qualitativ hochwertigen, gepflegten Gensequenzdatenbanken aufzubereiten. Dazu werden die Sequenzdaten zunächstin einer versionierenden, objektorienten, verteilten Datenbank abgespeichert. Anschließend kann durch die Auswertung von funktionalen Ausdrückenmit Hilfe von Operatoren, die sich in separaten Modulen befinden, eine Aufbereitung der Daten erfolgen. Durch die Anwendung der funktionalen Ausdrücke auf unterschiedliche Versionen der Primärdatenbanken, könnem automatisert aktuelle Versionen der Gensequenzdatenbanken erzeugt werden. Bearbeiter: Markus Kräutner Betreuer: Dr. Harald Meier Abgabe 15.09.03 Bachelor-Arbeiten
Bearbeiter: Robert Keiselt, Betreuer: Dr. Gabriele Witterstein, Dr. Harald Meier. seit 15.11.2008
Bearbeiter: Sebastian Huber Betreuer: Dr. Harald Meier Abgabe 15.08.03 Interdisziplinäres Praktikum
Bearbeiter: Jürgen Huber Betreuer: Dr. Harald Meier, Dr. Wolfgang Ludwig, Dipl. Inf. Ralf Westram Abgabe 15.04.2004 Im interdisziplinären Praktikum "Informatik in der Mikrobiologie" werden Programme entwickelt um Daten aus DNS-CHIP Experimenten zu analysieren. Dabei müssen umfangreiche Hybridisierungsprofile exakt interpretiert und mit großen DNS-Sequenzdatenbanken verglichen werden. Bearbeiter: Kai Bader, Wolfgang Thomas Betreuer: Dr. Harald Meier, Dr. Wolfgang Ludwig Abgabe 31.03.04 Systementwicklungsprojekte
Bearbeiter: Jörg Böhnel Betreuer: Dr. Harald Meier Abgabe 15.03.2008
Bearbeiter: Andreas Bombe Betreuer: Dr. Kipfer, Lehrstuhl für Computergrafik und Visualisierung, Institut für Informatik, TU München; Dr. Harald Meier Abgabe: 15. Juli 2005.
Bearbeiter: Kai Bader Betreuer: Dr. Harald Meier Abgabe 15.12.04
Bearbeiter: Daniel Koitzsch und Christian Becker Betreuer: Dr. Harald Meier; Dr. Kipfer, Lehrstuhl für Computergrafik und Visualisierung, Institut für Informatik, TU München Abgabe 15.09.04
Bearbeiter: Stefan Widmaier Betreuer: Dr. Harald Meier Abgabe 31.05.04
Bearbeiter: Anja Thiele Betreuer: Dr. Harald Meier Abgabe 15.08.03
Der Entwurf von DNS-CHIPS ist sehr arbeits- und zeitaufwändig. In diesem Projekt wurden Programme entwickelt, die eine individuelle Entwicklung von DNS-CHIPS aus Sequenzdatenbanken für die Identifizierung von Bakterien in komplexen Proben (z.B. klinische Proben infizierter Patienten, kontaminierten Lebensmitteln, Umweltproben) automatisieren. Bearbeiter: Markus Kräutner, Andreas Krause Betreuer: Dr. Harald Meier Abgabe 30.10.02
In diesem Projekt wird ein Softwaresystems entwickelt, das die Auffindung von Vorlagen zur Herstellung spezifischer "Small Interfering Ribonucleic Acid (siRNAs)"- Moleküle erleichtert und erheblich beschleunigt. Bei siRNA handelt es sich um kurze, doppelsträngige RNA mit bestimmten Eigenschaften, die zur gezielten, spezifischen Abschaltung von Genen in Mensch/Maus, wie z.B. Tumorfaktoren, eingesetzt werden kann. Dieses Projekt wird in Zusammenarbeit mit der Ribopharma AG, Kulmbach, durchgeführt. Bearbeiter: Judith Hartmann, Stephan Tobias Dietl Betreuer: Dr. Harald Meier; Dr. Peter Vornlocher, Ribopharma AG, Kulmbach (jetzt Roche-Kulmbach) Abgabe 15.09.02 |
Harald Meier